巴伐利亚州秉承着开放创新的科研政策，积极打造多元化、高水准的优秀研究环境，逐步成为国际领先的高端学术科研基地，并形成了一个以大学和非大学研究机构相结合、多层次跨领域的高端科研网络：
- 28所公立大学，其中11所公立综合性大学，7所设有大学校医院，以及17所公立应用科学大学；
- 联邦政府和各州政府共同资助的21个非大学研究机构，包括13个马克斯·普朗克学会的研究所，3个亥姆霍兹协会大型研究机构，5个莱布尼茨协会研究所；
- 13个由巴伐利亚州基金独家资助的非大学研究机构，涵盖科学研究的各个领域；
- 以及由州政府其他部门主导的各个科研机构。
巴伐利亚州大学
研究系统的核心是大学。他们促进跨学科的对话，支持研究和教学的统一，并培养年轻的学者和科学家。
综合性大学作为巴伐利亚研究体系的支柱，能够对不可预见的发展做出快速反应，并追求创新的研究方向。同时，它们确保了对知识科学过程非常重要的连续性。大学可以直接获得年轻、有才华的学生的巨大潜力，同时对塑造科学未来的人和公司产生开创性的影响。
应用科学大学（FH）以应用为导向的研究和开发则是高等教育研究的另一个重要组成部分。与综合性大学研究相比，它更注重实践。因此他们通常是中小企业最重要的合作伙伴，为加强区域经济的创新实力和竞争力做出了重大贡献。
巴伐利亚州目前共有11所综合性大学、17所应用科学大学。
巴伐利亚州科学论坛BayWISS
是巴伐利亚州11所综合性大学和17所应用科学大学以及慕尼黑哲学大学共同建立的合作平台，旨在加强研究、教育和继续教育方面的合作，加强巴伐利亚州的科研实力。自2015年成立以来，BayWISS已经发展成为全德内特有的综合性大学同应用科学大学的交流平台，有效地增强了巴伐利亚州高校间的研究交流和协同合作。
通过成立11个联合学院（Verbundkolleg），对各大学间的科研优势进行资源整合，形成科研网络，从而建立起一个结构化的“联合博士学位”培养模式。为巴州高校尤其是应用科学大学的优秀毕业生进入科研队伍提供更多的机会。目前11个联合学院中共有279名博士生。已有59名科研学者顺利获得博士学位。
非大学科研机构
德国四大科研所
马克斯-普朗克科学促进会
Max-Planck-Gesellschaft
是一个非营利性的研究机构，其首要任务是推进自然及人文科学领域中基础研究的进行并以大学的研究项目作为补充。目前共有80多个马普所、研究中心和工作组。马普学会在巴伐利亚州内共有13个研究机构。
亥姆霍兹联合会
Helmholtz-Gesellschaft
旨在通过尖端的科研活动解决触及社会、科学和经济的重大及紧迫性问题。亥姆霍兹联合会包含18个科学技术和生物医学研究中心，是德国最大的学术研究机构。巴伐利亚州内设有3个亥姆霍兹的研究机构。
莱布尼茨科学联合会
Leibniz Association
联合会共包括96个非大学研究机构，旨在为科学和研究提供基础设施并且提供基于研究的服务 – 对社会、政治、知识和经济的介绍、咨询与转化。巴伐利亚州内有7个莱布尼茨科学联合会的研究机构。
弗劳恩霍夫应用研究促进协会
Fraunhofer-Gesellschaft
弗劳恩霍夫应用研究促进协会是欧洲最大的应用研究机构，为私人和公共企业以及大众利益进行应用研究，它的总部位于慕尼黑，在德国各地设有74个研究所和研究机构。
巴伐利亚州内其他科研机构
巴伐利亚州还有众多其他的研究机构，研究领域涵盖政治、经济、法律、地区研究、自然科学等方面，提供各类专项研究的机会：
巴伐利亚州科学研究院
Bayerische Akademie der Wissenschaften
巴伐利亚州国家自然科学收藏馆
Staatliche Naturwissenschaftliche Sammlung Bayerns
国家家庭研究所（班贝格大学）
Staatsinstitut für Familienforschung (Universität Bamberg)
巴伐利亚历史之家
Haus der Bayerischen Geschichte
国家幼儿教育研究所
Staatsinstitut für Frühpädagogik
波西米亚国家研究中心
Forschungsstelle für die böhmischen Länder e. V.
慕尼黑女子学院
巴伐利亚科学学院历史委员会
Historische Kommission bei der Bayerischen Akademie der Wissenschaften
历史学会
巴伐利亚州立大学研究和计划研究所
IHF Bayerisches Staatsinstitut für Hochschulforschung und Hochschulplanung
社会科学研究所
Institut für Sozialwissenschaftliche Forschung e. V. (ISF)
南欧东欧协会
Südosteuropa-Gesellschaft e. V.
东欧和南欧科学中心
Wissenschaftszentrum für Ost- und Südosteuropa
东方法研究所
东欧和南欧研究所
Institut für Ost- und Südosteuropaforschung
中央艺术史研究所